同治三年六月十六日，奕䜣等据曾国荃飞咨，获悉其已率军攻陷天京的喜讯，即于二十六日寄信曾国荃。在此谕旨中，军机大臣等不仅未对已获大功之曾氏兄弟予以嘉奖，反而指责曾国荃的种种不是。
作为曾国藩的幕僚赵烈文看过谕旨后，便已知其中奥妙，指出；"此次廷寄忽加厉责，其中别有缘起，余知其约略，而未敢臆断。"事情发展果不出赵烈文所料，数日之后，奕䜣等即借御史贾铎奏折，以追问天京金银下落为名，寄信曾国藩，进一步对其进行告诫。
此外，奕䜣等军机大臣对曾国藩的权力也是百般予以限制。如在兵力部署上对曾国藩早有防范。咸丰五年，清廷即令满将官文虎踞重镇武昌，自上而下监视曾国藩、胡林翼的行动。
此外，又任富明阿为江宁将军，统带冯子材等军，二人分守扬州、镇江，占据长江下游，而满将僧格林沁则率军驻扎在皖北一带，由以上三路大军形成对曾国藩湘军的牵制与包围之势。
这一点在攻陷天京后爵位的授予上亦有体现，早在太平天国定都天京之时，咸丰帝就曾指出："日后能克复金陵者，可封郡王。"但到了同治三年曾国藩克复天京后，廷议却以文臣封王似嫌太骤且无先例为由，仅封其为侯爵。
