崇祯十一年（1638年），他已经成长为一个文武全能的人了，因为两样都拿了第一，于是被举荐去了礼部。但朱之瑜觉得朝廷混乱，他不能被世俗所容，所以专注学问，不愿意去当官。他跟妻子说我当了当官，可能反而会身家不保。虽然不求功名利禄，但是朱之瑜却很关心社会民生。
大明王朝在这个时候已经走向了末路，崇祯十七年（1644年），李自成攻陷北京，崇祯皇帝吊死在煤山。这一年，朱之瑜四十五岁，另一边的福王朱由崧在南京建立南明。朝廷再次邀请朱之瑜，而他同样拒绝了，过了一年，皇帝亲自下令召他，他依然拒绝了。之后拒绝了第三次，一连拒绝三次，自然惹起了一些人的嫉恨，朱之瑜不得已跑到了舟山。
弘光元年（1645年）五月，清兵攻陷南京，南明眼看也要撑不住了。朱之瑜第一次前往日本，想借助日本的兵力来舟山守卫，但是日本当时正在实行海禁，没有办法进不去的朱之瑜只好返回舟山。永历四年（1650年）朱之瑜再次前往日本，被清兵发现了，他不愿意投降。刘文高之类的人被他感动了，于是把他送回了舟山。等到了第二年，朱之瑜再次前往日本，最后到了安南，还没等他回去，舟山就已经被清兵攻陷了，他的老师还有好友都在其中殉国。
