之后，广东道御史宋贤上疏抨击山东巡抚余大成、孙元化："登莱抚臣孙元化侵饷纵兵，贪秽已极。其所辖士卒，数月间一逞於江东，则劓截主将；再逞于济南，则攻陷城池，皆法之所不赦者。"后孔有德倒戈杀回山东半岛，连陷临邑、陵县、商河、青城诸城......
第二年，有耿仲明的协助，孔有德已经占领了登州。当初，特谢拉率领的葡萄牙顾问团除了三个人死里逃生外，几乎全军覆没。而昔日上司孙元化，虽然，被叛军放还回京，但是，还是免不去叛乱的罪名，最终，被朝廷判处问斩于肮脏腥臭的菜市口。
其师傅徐光启多年心血毁了个干净，从此郁郁不得志，一年之后，也与世长辞了。
崇祯六年，孔、耿二人终是投降于后金，成为皇太极手下的得力干将。孔、耿二人的降书曰："本帅现有甲兵数万，轻舟百馀，大炮、火器俱全。有此武器，更与明汗同心协力，水陆并进，势如破竹，天下又谁敢与汗为敌乎？"
