不过此时也出现了一个难题，那就是明英宗。瓦剌看到明英宗没有利用价值了，又不想直接与明朝接下太深的仇恨，于是就将明英宗给放了回来，当然这中间，于谦也起到了很大的作用。明代宗自从当上皇帝之后，再也不愿意退让皇位，明英宗刚回来就被软禁了起来。
1457年明代宗病重，石亨和曹吉祥等人，趁机将软禁中的明英宗迎了回来，并且从新登上了皇位，不久之后，明代宗就病逝了。在石亨等人的鼓动之下，于谦很快被逮捕入狱，明英宗心里明知于谦是被冤枉的，还是将其杀害。
于谦死后，朝廷派曹吉祥的人去抄家，在于谦简陋的房间里翻腾了很久，也没有找到一件值钱的东西，后来看到正屋门锁紧闭，以为有贵重之处，结果打开之后，里面只看到了于谦生前黄帝赏赐的一些衣物和一把宝剑，再也找不到任何值钱之物。看到此时此景，一名叫朵儿的锦衣卫再也忍不住了，他失声痛哭，并且不顾曹吉祥的鞭打，在于谦死的地方洒酒祭奠。
相传，在对于谦行刑之时，刽子手都下不手，选择了自杀。可见于谦的品质多么深入人心，几百年过去了，于谦依然是明朝第一忠臣。
