冯云山忠心耿耿，绝对效忠洪秀全，每次传教都是以"洪先生"名义进行，无形中树立起洪秀全形象。此时，洪秀全、冯云山联手，是太平天国绝对权力核心。
洪、冯联合掌权之格局很快就遭到破坏，起因是洪秀全。1847年7月，洪秀全从广东"空降"到紫荆山，以教主名义强迫冯云山去捣毁寺庙，破坏了冯云山团结知识分子、绅士之政策。结果，冯云山被逮捕入狱，洪秀全营救无效，呆在广东不回来。
冯云山被逮捕，洪秀全去广东不回来，桂平团练武装乘机向拜上帝教发起进攻，内部一片混乱。此时，杨秀清在集会时突然"晕倒"，"吐白沫"，接着表演"上帝下凡"，及时安定了人心。不久，萧朝贵表演"天兄下凡"，以耶稣口吻训斥会众，提高自己地位。
杨、萧表演"跳大神"，稳住了人心，还顺利营救出冯云山，其威望顿时高涨。洪、冯虽然知道"跳大神"乃旁门左道，却也不得不承认既成事实，同意杨、萧"下凡"。如此，太平天国权力格局改变，杨、萧崛起，洪、冯受制约。
政教合一的太平天国，杨、萧能"下凡"，其权力自然要高于洪、冯。道理很简单，杨、萧关键时刻是"父亲"、"长兄"，洪、冯则是"儿子"；教权压过政权，杨、萧势力自然超越了洪、冯。此外，杨秀清身体不好，双眼经常疼痛：一只几乎失明，一只常流脓。所以，萧朝贵便经常"天兄下凡"，树立权威，一度成为实际第一把手。
