德祐二年（1276年），蒙元南下，直取临安，南宋皇室仓皇出逃。为了躲避蒙古骑兵的追杀，皇室不得不采取更为快速的水路逃亡。于是作为幼年皇帝宋端宗的手下，张世杰为了保护皇室，直接强征蒲寿庚的商船，并且对他的家产一番搜刮来补充逃亡路上的开销。
这一举动让蒲寿庚这么多年的积累毁于一旦，怒火攻心却又不能对皇帝下手，让他抓狂不已。眼见元军大捷，南宋式微，心中愤恨难平，蒲寿庚义无反顾地就投向了元军。同时，在泉州还没来得及走的3000余名士大夫和士兵，全部被蒲寿庚泄愤杀害，3000多人无一幸存，全军覆没。
自此，蒲寿庚成为了元世祖忽必烈手下的重臣，继续掌控沿海商路，发展自己的家业。1290年，蒲寿庚在家中病逝，留下了大批财富给自己的族人后代。
