在刘长佑出任云贵总督的时候。他便以高瞻远瞩的眼光纵观世界。当时的他就认为日本具有狼子野心，日后必会对中华以及亚洲埋伏祸患。当时的日本明治维新不久，民众尚未开化，羽翼尚未丰满。而当时的清朝军队在历经了抗法援越，收复新疆，镇压太平天国，大破浩瀚国之后士气军心正旺，且又发展了大批的有实战经验的将领。此时若征战日本 必可一举成功为大清，甚至为整个亚洲永绝祸患。
刘长佑提出的方案是，首先在国际社会揭露日本违反国际法，非法吞并琉球的罪状，并且呼吁西方各国断绝与日本的经济往来。根据日本的地形条件刘长佑设计了三路攻日分割包围的计划。首先派兵从东三省兵出松花江，出海后兵临库页岛，从北面袭击日本。驻扎在朝鲜的清军，则在南部西面遏制威胁日本。一旦日本有变，可直接出兵日本，把日本从中间截为南北两截。第三步派水师从宁波和定海出发，从南面进攻日本的长崎等地由此形成三面夹击之势。
可惜他的提议大清朝并没有接受。原因可能是觉得自己太累弱了打不起这一仗。可有专家也说，研究当时的日本经济和军事并不比中国强。而且中国在同光中兴之后，也确实有一段非常非常好的时光。当时如果大清朝采纳了刘长佑的意见，也许历史真的会重写。也许在今天的史书中根本找不到八年抗战，南京大屠杀等词汇了。
