对待皇帝，蓝玉也越来越无礼。他在侍奉皇上酒宴时口出傲语："军中将士的升降进退，大权在我一人手上。"对此，朱元璋多次责备他，依然不改。西征返回后，蓝玉被太子封为太傅，位于宋、颍两公之下。身为太子舅父的蓝玉非常不满，不甘心屈居两人之下，说："难道我不能当太师吗？"此话传到了皇帝的耳中，朱元璋表面上没说什么。但从那以后，蓝玉上奏言事，他大多不听取其建议，蓝玉越发怏怏不乐。
种种因素下，蓝玉逐渐有了谋反的心思。在他还未行动之前，就被朱元璋扼杀在摇篮中。传说他与带回来的元主妃子有染，导致元妃羞愧自杀。朱元璋以此为借口，诛杀了其族包括蓝玉在内的两万余人。
自古以来，君主都不放心手中拥有兵权的大臣，更何况蓝玉如此傲慢。从这以后，朱元璋就开始大杀开国功臣，制造了许多冤狱。
