1856年，太平天国的将领决定扫除清军对南京威胁，首要的目标便是向荣的江南大营了。当时向荣要防御多地，江南大营兵力空虚，只剩五千余人。太平军乘机猛攻江南大营，清军失守大营，败退到丹阳。1858年，和春，张国梁在南京城东重建江南大营，但在1860年被李秀成再度攻破。
江北大营
太平军攻陷南京，对清政府的漕运形成了重大的威胁，而江北大营的作用就是保证漕运的通畅。琦善建立江北大营时，手下兵力有17000余人。在随后几年中清政府从各省调派过来军队也多驻扎在江北大营，其中还有一些从东北过来的八旗兵。
1856年4月，燕王"秦日纲率领太平军攻击江北大营，仅用两天便攻陷120余座营盘堡垒，清军经营三年的江北大营显得不堪一击。天京变乱后，太平军精锐尽损，江北防务空虚，清朝大臣德兴阿乘机收复扬州，重建江北大营。但令他没想到的是，在1858年9月，缓过劲来的太平军在陈玉成，李秀成带领下再度攻陷江北大营。在几年之间，江北大营便被太平军二度攻破，咸丰也因此撤销了江北大营的编制。
江南江北大营可以说是清朝在南方的嫡系部队，以绿营兵为主。当时这两大营作为清朝重地苏杭，江北地区的门户，营内却有一大堆的赌场妓院，战斗力有多强可想而知。在太平军后期战斗力急剧下降的情况下，江南江北大营仍被攻破。若不是湘军给力，仅靠这两个嫡系部队，只能牵制太平军，收复失地只是个幻想。
