章惇虽然打击政敌不择手段，但是他却从不假公济私，他的四个儿子都以真才实学考中进士，章惇却只让他们在地方上担任小官。
宋徽宗即位后，反对章惇的人越来越多，章惇开始失势，被一贬再贬。
1101年，章惇被贬往边远的雷州，担任司户参军。章惇跋山涉水来到雷州后，四处打听，想要租一处民房安身。但人们得知他是贬官，都没人敢租给他房子。章惇询问原因，一位房主不知他的身份，告诉他说："几年前苏辙先生租我的房子，惹恼了当权的章丞相，我差点儿因此而家破人亡。"章惇这才想起，当年他把苏辙贬到雷州，曾下令禁止贬官居住官舍，苏辙只好租民房居住，他又命官府把房主下狱，逼迫房主诬陷苏辙强夺民房。此时想起这些，章惇心中懊悔万分，只怪自己当初逼人太甚。
之后，章惇又接连被贬往舒州、睦州、越州、湖州等地，不得不长途奔波。1105年，章惇在苦闷中逝世，享年70岁。
明代思想家李贽评价章惇"性刚狠，胆麄才赡，以众人攻击不得伸其气，辄尔乘时报复，使有圣主贤相爱而用之，亦足建功定国"。的确如此，章惇的性格过于刚狠，能力强、胆量大，可惜气度狭小，得势后就报复别人，否则必定是名流千古的贤相。
