而另一方面广州是当时和外国通商的贸易口岸，两广总督兼任着大清对外事务的处理之责，其实主要是处理和英国人之间的关系，那时距离鸦片战争已经过去十多年，英国人早就不满足于十多年前获取的权益，希望能够修改条约扩大利益，并进入广州城。但是叶名琛并没有满足他们的要求，于是著名的"亚罗号事件"就爆发了。
"亚罗号事件"其实本是一件小事，甚至于根本和英国没什么关系，但英国就是想借机挑起事端，非要说他们"被侮辱"了。叶名琛想要和平解决事端，将抓捕的12人给放了，但英国还是选择了炮轰广州城。至此第二次鸦片战争爆发。战争爆发后叶名琛的态度是：不战、不和、不守，不死、不降、不走。镇定自若跟没事人似得，仍然照常举行乡试、观看比赛。之所以这样做，是因为在他看来英国人只是虚张声势很快便会撤退。但事实当然并非他想的那样，英国人攻完城外对岸炮台又开始炮击广州。
当然叶名琛也并不是完全无所作为，他一方面命令关闭海关，中止对外贸易，并停止向香港的一切供给，还秘密派情报人员到香港搞一些破坏活动及刺探情报。另一方面也组织了广州城内的百姓进行抵抗。但是他没有多少正规军可以用，因为都去打太平军了。虽然在初期也取得了一些成效，但毕竟不是长久之计，1857年英军纠集了法军一起，卷土重来大举攻城，这一次城破，叶名琛成了俘虏。
