监察机构的主要代表是都察院，这也是从唐朝和唐以前沿袭下来的一个机构。都察院的人员从正规的文官中抽调，任期数年，然后再回到一般官府中任职。他们在京师六科和按省分设的十五道中任职，其职掌是体察民情，对同僚们进行纠察弹劾。御史在古代向君主进谏的职掌在清朝并未完全废弃，但已退居于次要地位。还有一些其他机构也代表皇帝管理政务--首先就是宗人府。对宗人府的亲王们则谨慎地防止他们插手朝廷和各省的权力，但在必要时，可以召他们前来处理某些重大问题。宗人府是为皇帝储备得力助手，并且是培训他们效忠嗣君的场所。按照清朝的传统，皇帝临终时将继位皇子的名字置放于一密封盒中，而他的遗愿便具有祖宗之法的威力。诚然，这并没有制止康熙诸子之间的兄弟相残，也没有阻止人们怀疑继位者雍正篡夺皇位（最后，雍正将他兄弟中的五人置于死地）。宫廷的宦官也是实行监视的另一类重要人员，因为宦官是后宫必然产生的特殊产物；反过来，后宫之所以需要，是为了生育众多的皇子，以便有可能从中挑选出才具优长的皇位继承者。明代宦官专权的经验教训，使得有清一代建立了严格的制度防止他们掌握权力，他们一般是不准干预政务的。清政府最初不是在宦官当中而是在汉人奴仆（最早的家奴）和在旗的汉人中找到了他们最可信赖的臣仆，在清朝统治的头一百年，这些人担任了许多高官要职。但是宦官在皇宫中仍然是不可或缺的。最后，在十九世纪后期慈禧太后这位女主当权时，他们又曾有过短暂的黄金时代。
皇帝高踞于文官政府、军队和监察机构三大支柱的顶端，他在日常政务中操持着那些或者协助他维护权力，或者帮助他行使权力的为数众多的机构。专门的机构处理皇家亲贵、皇族以及旗民的事务，对宫廷内务，则与宦官一起处理。内务府财源很广，有皇庄、专门的税收和贡物（包括广州贸易的特税和贡物），有对人参和皮毛的垄断，有罚款和籍没的家产以及官窑和皇家织造，因此岁入很大。但是这些巨额的财富是保密的，是满清皇朝的特别支柱，它与政府的收入完全分开。
在北京的几百个官署里，数以千计的书吏将几十万件文件誊录和归档。在这整个抄写和传送的过程中，传统上有内廷和外廷之别。外廷是正式的最高机构，它由六部和包括从明朝承袭下来的内阁等其他高级官署组成。内廷则是皇帝的较不正式的顾问和帮手，主要是亲王、后妃、宦官等人，他们以个人的身份协助皇帝处理政务，其中最初包括有挑选出来进行这类工作的内阁大学士，后来则名为军机大臣；后者最初为了处理军务于1729年前后设立，他们组成了一个更不正规但却更有实效的机构。皇帝的意志通过这些名目不一的工具和复杂的程序形成和表达出来，做出这个金字塔式的政府的最高决定。
在政务过程中，各省高级官吏给清帝本人的奏章是通过驿站传递的。清朝统治者通过这种制度从遍布全国的可靠的官员那里获得情报，他们可以向皇帝进呈只有天子本人才能亲启的"密折"。在这些批复的文件上，也许有皇帝亲笔批示的谕旨，或有关道德伦常的训谕。也可能有比较高级的官吏甚至老百姓的请愿。皇帝在对他们进行批复时，便颁布解决问题或对建议做出决定的敕令，这些决定又通过驿站送出，在许多情况下，它们由几家商号以所谓邸报的形式在宫廷之外张贴，以供传抄并分发至各省省会。
