清帝国的政府组织保留着明代从1368年起建立的三大机构：由天子统治和主宰、由朝廷领导的文官政府；在长城以内和 边境地区维持秩序的军事组织；以及对各级政府的行政情况进行严密监督的监察系统。这个王朝三权鼎立的每个部门都是从明朝承袭下来的，满洲人只是进行了某些修补。
在文职行政机构方面，中央政府由六部组成，各部之首是满、汉大臣和副大臣，他们一起行使职权。这种包括六方面的体制是从唐朝沿袭下来的，它把各种行政事务划分为吏、户、礼、兵、刑和工六类。这种六方面的体制也反映在从省到府县政府的各级衙门里。十八个省的巡抚除少数例外，都与总督共同管理他们的辖区，而总督在大多数情况下管辖两省，因此，每个总督和两个巡抚共事。通常清代的巡抚是汉人而总督是满人。他们各自都有自己的私人卫队。总督和巡抚一般联名向皇帝呈报本省的各种事务。在他们下面的各级地方行政和机构中，道是由两个以上的府组成，府又包括两个以上的县，县是最低一级，全国共有约一千五百个县或相当于县的机构--道员、知府、知县这些职位几乎全由汉人担任。
在军事部门，清朝的绿营是从明代遗留下来的驻防军（卫和所）衍化出来的，在遍布全国各地的小哨所驻防。满洲人在这种军事组织之外增加了自己的军队--旗兵--做为最主要的后备力量。早在占领中国北部以前，尚武的满洲民族就建立了合军政为一体的"旗"。在旗这种制度下，有战斗力的满族男子都按其出身分属八旗中的一旗，并在不同地区拨给他们一份土地为谋生之用。在这个基本的行政结构之外，还增建了蒙古八旗和汉军八旗。加在一起，这二十四旗就是一支召之即来和直接效忠于清王朝的攻击力量。八旗的军官由皇帝任命，他们的生活资料由朝廷以土地或俸禄的形式授予。各旗在任何地区都没有根据地，而清朝在擢升军官时则着眼于不致出现私人派系，从而不使出现对朝廷不忠的行为。
