在李世民的手下，如果不能成为一个独当一面的统帅，那必须对李世民忠心耿耿。尉迟敬德也是李世民手下的一员猛将，而且还是因为秦琼才投入李世民帐下的。但尉迟敬德投奔李世民后，对李世民非常忠心，更是在玄武门之变中，不仅射杀了李元吉，还杀气腾腾的进入皇宫威逼李渊，迫使李渊下诏由李世民掌管一切军政大权，担当李世民的超级打手。对于这样的手下，李世民自然是十分欣赏的，玄武门之变后，尉迟敬德的封邑达到1300户，是秦琼的近两倍，在凌烟阁二十四功臣中，也是排在秦琼之上，位列第七。
而秦琼既没有统帅之才，又不像尉迟敬德那样对李世民死心塌地，他非常感激李渊的提携和知遇之恩，玄武门之变前，秦琼已被李渊封为翼国公了。在多次的征战中，李渊都给予秦琼极大的礼遇和厚赏，让秦琼感激涕零。"高祖遣使赐以金瓶，劳之曰：'卿不顾妻子，远来投我，又立功效。朕肉可为卿用者，当割以赐卿，况子女玉帛乎？'"意思是李渊不仅重赏了秦琼，大大表彰他的功绩，还表示，自己的肉都可以割下来给秦琼吃，足见李渊对秦琼的赏识。秦琼是一个知恩图报的人，他不想参与到李世民父子的恩怨情仇中去，但又迫于某种原因，不得不参与了玄武门之变，但他的表现却让李世民很不满意，所以事后只给了秦琼700户的封赏，比张公谨、侯君集都要低。
李世民上台后正式开启了贞观之治的大幕，但这时的秦琼已经伤病缠身，无法参与到征讨吐谷浑、高昌国、高句丽等唐王朝的重大军事行动中去，这让秦琼的功劳大打折扣。这也使得征战一生的秦琼很是郁闷，将军百战死，马革裹尸才是武将的最好归宿。他常对人说，他参加了大大小小战斗二百余，屡受重伤，流了那么多的血，怎么会不生病。"吾少长戎马，所经二百余阵，屡中重疮。计吾前后出血亦数斛矣，安得不病乎？"
