然而，让他万万没想到的是，肃顺在朝中本就跋扈，岂能容忍慈禧和慈安分权。所以在咸丰去世不久，双方的矛盾就不断升级，已经到了有你无我的境地。
在这种情况下，慈禧拉拢慈安，暗中联系被肃顺等人排挤的恭亲王奕?发动政变。
由于荣禄和肃顺有不可调和的矛盾，待肃顺等人护送咸丰帝的灵柩走到京城外时，慈禧便命荣禄率亲兵接驾，并以迅雷不及掩耳之势，将其抓捕入狱。
肃顺等人被伏法后，醇亲王奕譞和恭亲王奕?成了她的心腹大臣。
此时的荣禄一改年轻时的作派，他见奕譞不仅位高权重，又主管神机营，于是极力拉拢。再加上他极力建议以西法练兵，因此他得到了奕譞的重用，被委任为专操大臣，负责操练新兵。
