鼠疫发生的原因，其实是因为当时粮食产量减少了，发生了一场非常大的旱灾，农民所种的粮食颗粒无收，同样作为动物的老鼠也一样没有粮食吃，此时老鼠就从地底下出来了，与逃亡的流民一起寻找吃的，老鼠长期生活在地下，身上有许多的寄生生物，其中一种就是跳蚤。
老鼠因为经常没有吃的东西，变得异常消瘦，跳蚤在老鼠身上找不到吃的，就开始疯狂的撕咬老鼠，很多老鼠就被跳蚤给咬死了，跳蚤身上有一种病菌在老鼠体内萌发，就变成了鼠疫。可能是因为当时饥饿的流民已经饿得饥不择食了，他们觉得饿死的老鼠是可以食用的，所以就把那些死去的老鼠，腐烂的老鼠肉给吃了。
导致了鼠疫在人体进行传播，又因为古代中国医疗条件十分的简陋，人一旦得了鼠疫必死无疑，导致了明朝末期很多的老百姓都死于了非命，许多明朝末期的将领，士兵也都死于这场鼠疫，这才导致了明朝末期的军队变得十分的弱小，战斗力十分的低下。
