由于清廷实在拿不出像样的军队来对抗太平军，于是，就将原本由朝廷和曾国藩分别指挥的两条战线都交给曾国藩统一指挥，不但如此，两江总督何桂清在江南大营破灭之时临阵脱逃，被朝廷革职查办，空缺出来的两江总督一职咸丰本打算让胡林翼出任，但肃顺却竭力保举了曾国藩，这才让曾国藩从一个手无实权的在籍侍郎一跃成为掌握军政大权的封疆大吏，这让曾国藩的调配更加得心应手，但是，咸丰帝对曾国藩的戒备却一直都在
曾国藩的第二个转折点就是慈禧的掌权
天京事变对太平天国的打击很大，使清廷找到了可趁之机、大举反扑，可后来洪秀全又提拔了陈玉成和李秀成等人，他们凭借杰出的军事才能又和朝廷陷入对峙。
1861年，当曾国藩和太平军为了争夺安庆打的不亦乐乎之时，慈禧通过"辛酉政变"顺利掌权。掌权后的慈禧加大了对太平军的打击力度，在满洲官员没有作为的前提下，她在上台当月就任命曾国藩统辖苏、浙、皖、赣四省军务；两个月之后，慈禧又加封曾国藩为太子太保、协办大学士等职，并给了他行政任命权。当时只要是曾国藩举荐的人，慈禧从来都是按照曾国藩的意见委以重任
