等到崇祯铲除阉党，便想起了袁崇焕这个有实力的将领，于是任命袁崇焕为蓟辽督师，负责蓟辽军事。当时受此重任的袁崇焕激动异常，当即立下了五年复辽的雄心壮志。结果时间过去一年多了，袁崇焕不仅没有收回一点土地，反倒杀了皮岛总兵毛文龙。崇祯帝因此对袁崇焕充满了芥蒂。
后来皇太极绕过宁远防线，绕路从大同等地进攻明朝，明朝猝不及防，各地边关重镇相继沦陷，崇祯帝立即下诏，命各地集结士兵准备勤王。当时袁崇焕紧急领兵回防，和清兵先后到达北京，因此京城内有人传言说袁崇焕早已投降清兵，清兵到达京城就是袁崇焕领的路，于是崇祯帝便对袁崇焕产生了怀疑。即使袁崇焕在北京城下拼死作战也没有打消崇祯帝的疑虑。
即使最后战斗还没打完，崇祯帝便已经将袁崇焕下狱治罪。在失去袁崇焕之后，明朝在辽东的名将已经所剩无几，因此明朝数次将正在平叛的将领调往辽东，如洪承畴等。据史料记载这些名将几乎将流寇李自成等人围剿，但是由于辽东战事吃紧又被紧急调走，因此李自成得以反复逃窜也有崇祯帝的原因。
