作为清政府培养的精锐部队，武卫军曾经在很多战争中获得胜利。1900年，八国联军侵华时期就是武卫军发挥了重要作用，聂士成率领武卫前军在天津击退了西方列强，获得了局部胜利。此外聂士成在与义和团的斗争中也取得了胜利，但是他的母亲、妻子以及女儿却被义和团的人抓走了，而且聂士成还成了清朝政府的棋子，清朝政府企图利用他来反抗西方侵略者，他被污蔑是"反贼"。
聂士成做出了这么大的牺牲，却没有得到慈禧太后的赞赏，反而被苛责，心灰意冷的聂士成最后决定前往一线战斗，想要以身报国。他最终在八里台牺牲，更令人愤怒的是当时义和团的一些人来分聂士成的尸体，清朝政府却没有一点反应，最后还是八国联军为其保留了全尸。
聂士成死后，清朝廷失去了其最强有力的军队，相比较聂士成带领的武卫前军，董福祥率领的武卫后军还没来得及和八国联军激战，近4000人已经逃到了保定。之后董福祥与义和团合作攻打西方列强，在此期间武卫后军虽然有所损失，但是还保留着主要力量。
董福祥在慈禧太后西行途中起到了重要作用，不过他在到了西北之后再也没有回北京。后来西方列强通缉他，清朝政府却不顾情义，直接将他撤职查办。另外的武卫左军将军--宋庆在1900年时已经八十岁高龄，根本没有力量再领导高强度的战争。
1902年，宋庆去世，武卫左军力量日渐消减，最后也是名存实亡。庚子之乱中武卫军已经支离破碎，不过袁世凯领导的武卫右军却没有太大的损失，也正是他拥有的这份军事力量才让他成为了晚清重要的一位将领。手握军权的袁世凯野心日益壮大，他并不甘心一直做清朝廷的臣子，于是暗地里收拢人心，让很多清朝的重要官员成为了自己的同盟。所以当袁世凯逼迫溥仪退位的时候，没有一个人站出来反对。
