跟很多朝代，清朝源自关外，最初在医药上，较为原始，仍保留很多过去巫师萨满的色彩。一旦生病，大多采取祭祀祷的办法。直到努尔哈赤时，才开始逐渐转向医药，并有较大的进步。当时已经开始用煮晒人参时出现的蒸馏水去治疗皮肤疾病。皇太极后，效仿明朝明朝制度，设立六部。
因为是草创阶段，许多体制都非常简陋，并没有设立专门的医官制度。但当时已经明确提出，要抑制巫术，采用医药治病。这个做法，为后来清朝医官制度的设立，奠定基础。顺治年间，清朝正式定太医院作为专门的医官机构，并设立相关的医官职位。
在太医院中工作的可以分为两种人。一种是没有官阶品级，如食粮医生、切造医生，负责文书、制药等工作。一种是有官阶品级，如正官院使，左右院判、御史、吏目。它们品级官阶不同，负责事务不同。在这些人中，御医无论是人数份额、医术的专业程度上，都占据中流砥柱的位置。
因为御医的看病对象，主要是皇帝、亲王大臣、后宫嫔妃等，遇到特殊情况，还会被送到前线当军医。御医的本事高低，直接关系到病人的生死存亡。所以，选拔一批有足够专门素质的御医，一直是太医院的重要工作之一。
