他在《晚明史》中说："神宗在此后的二十多年中，处理朝政的主要方式是透过批阅奏疏，发布谕旨来进行。他始终牢牢地掌握着朝廷的大政方针，这从'万历三大征'的全过程可以看得很清楚。"
"万历三大征"是指万历年间平定蒙古族人哱拜的宁夏之乱、四川播州世袭土司杨应龙的播州之乱和支援朝鲜抗击日本侵略的朝鲜大战。这三战皆捷。
万历二十年哱拜的宁夏之乱，整个宁夏地区陷入糜烂，万历在初战不利的情况下，运筹帷幄，调兵遣将，挥师踏破贺兰山缺，大战宁夏城，漂亮地平定这场叛乱。
四川播州世袭土司杨应龙盘踞一方，成为了一个事实上的独立王国。万历二十八年明军大举征讨，三月份突破娄山关天险，六月底平定叛乱，使与中央政权几乎隔离了千年的土地终于重新统在中央政权之下。
万历二十年，丰臣秀吉控制了日本军政大权，在号称日本史上最强的年代里悍然发动了侵朝战争，朝鲜火速求援。同样在初战不利的情况下，万历调集四万大军救援朝鲜，一战收复平壤，再战逐敌至釜山。万历二十五年，日军重新发动攻势，万历调动四路大军反击，明军邓子龙部三艘大海船封锁于露梁海峡，牢牢钉住日本军大小500艘战舰，接着，明军主力和朝鲜李舜臣部从后面夹击对手击沉和俘获对手大小船只450艘，彻底切断了从日本到朝鲜的补给。七年抗日，终于宣告了在朝日军的覆灭。日军从此300年不敢觊觎中原。
