由此，从血统上来看，南明皇帝和明朝后期皇帝的关系相对疏远，并且出现了四分五裂的问题，而东晋和南宋则几乎没有存在这一问题。其次，在中国古代历史上，东晋、南宋等朝代虽然偏安一隅，但是，这两个朝代的存在时间都达到了百年以上。与此相对应的是，南明几位皇帝却没有坚持20年。其中，南明的最后一位皇帝--永历帝朱由榔，公元1662年就被当时已经投靠清朝的吴三桂所杀了。由此，从公元1644年到1662年，南明几位皇帝的存在时间实在太短了。
对此，在笔者看来，南明如果有某位皇帝或者某一个势力可以和清朝抗衡数十年甚至上百年的话，或许可以有资格来争一下朝代上的正统。进一步来说，在崇祯皇帝自杀之后，此后的鲁王监国，唐王登基，桂王小朝廷都不过是雷声大雨点小，始终都是在到处逃难当中，这和南宋与金国划江而治是有本质上的区别。所以明朝亡国止于崇祯是比较客观的结论，也是受到史学界公认的。
最后，崇祯皇帝被认作是明朝的末代皇帝，而不是永历帝，这也是清朝所希望塑造的结果。对于入主中原的清朝，喜欢强调自己的天下"取自闯而非取自明"，甚至打着为崇祯皇帝报仇的旗号，以此来和李自成等人逐鹿中原。在这一过程中，清朝希望表明的观点是自己的天下是击败李自成得来的，而朱元璋建立的明朝，则已经被闯王李自成灭掉了。由此，基于以上种种原因，所以一般公认崇祯皇帝朱由检是明朝最后一位皇帝，而不是永历帝朱由榔等南明的皇帝。
