太平军水军力量相对清军过于弱小，这就决定了太平军如果不能一鼓作气将清廷灭亡或者重创清廷，太平天国就只能在总体战略上处于被动挨打的境地。
处于太平军直接控制之下的地方主要是天京城，瓜州、安徽中南部和江西北部，其他地方则是与清廷反复争夺。
需要指出的是，清军在绝大部分时间是可以直接威胁天京城的，除了江南江北大营，更重要的是清军水师的存在严重威胁着天京城的水路交通，使得太平军不能放手北伐西征。
湘军与太平军的大战从湘潭开始，中间反复拉锯，太平军屡屡受挫就是因为水军不敌强大的湘军水师，而等到太平军在湖口大败湘军水师，湘军便迅速溃败，将之前反攻收复的湖北丢失，可以说湖口大战是太平天国运动期间最重要的一场战役，等到后来的安庆战役，陈玉成为了自己的封地不丢失而过于计较一城一地的得失，投入精锐与优势湘军血战，最终安庆失陷而自己精锐尽失，还破坏了与其他将领的关系，不久后兵败身死。而安庆的失陷则预示着太平天国命不久矣。
