毛文龙虽然对朝廷旨意听宣不听调，但是从本质上讲，这属于将在外君命有所不受，总体上看，他对大明忠心耿耿，而袁崇焕杀死他，并且对其下属礼遇非常，说的不好听，他意图联合武将意图谋反，说的好听点就是以此收买人心，并挟持朝廷。大明自古都是走在中央集权的道路上，他如此做法已经碰触了大明的禁忌，所以他必死无疑。
其三，辽镇在明朝后期的时候是非常重要的，粮饷也是集全国之力凑齐的，可以说辽镇边关是大明的门户，举全国之力支持，就这样的情况下，袁崇焕还手持尚方宝剑专权一方，结果后金越来越大，甚至都能突破层层关卡到了京师城外，怎么能让崇祯皇帝不动杀心呢？
大明从建国到当时，只有土木堡之变之后北京遭到了围攻，而袁崇焕被赋予了如此众望，居然还是重演了这一幕，怎能不被崇祯皇帝气愤呢？如果说土木堡之后的京师被围是因为王振和英宗的无能，那么这次被围该怎么解释呢？所以多方面的原因，袁崇焕都是必死的局。
不过袁崇焕死的并不冤，在他死后，祖大寿等他保举的手握重兵的大将先继叛国，大明各地的武将也脱离了朝廷的管控，而事情的源头，就出现在这位袁督师的脑袋上。
