409年，南燕皇帝慕容超带兵大举南下。慕容超号称一代枭雄，以善于用兵著称，诸葛长民毫无惧色，在下邳一战中大破南燕军，刘裕大喜过望，加封诸葛长民持节、督青扬二州诸军事、青州刺史、领晋陵太守，烜赫一时，成为刘裕最为倚重的大将。
但志得意满的诸葛长民，很快就故态复萌。他在任期间，倚仗自己功勋卓著，刘裕离不开他，"骄纵贪侈，不恤政事，多聚珍宝美色，营建第宅，不知纪极，所在残虐，为百姓所苦"，穷奢极欲追求声色犬马之乐，横征暴敛搜刮民财，坑苦了一方百姓。
不仅如此，诸葛长民重兵在握，逐渐滋生了不臣之心，妄想取代主子刘裕，暗中招兵买马，聚草屯粮，筹划谋反。精明的刘裕，察觉到了诸葛长民的异动，决定先下手为强铲除这个祸害。公元413年三月，刘裕在府邸中暗藏伏兵，然后召见诸葛长民。诸葛长民没想到刘裕这么快就动手，毫无防范来见刘裕。席间刘裕一声令下，刀斧手一拥而上，当场击杀诸葛长民。
他死之后，"诸葛氏之诛也，士庶咸恨正刑之晚，若释桎梏焉"，老百姓拍手称快，只恨他死得太晚，他的辖区的百姓们，简直像解脱枷锁那样痛快舒坦。诸葛长民，堪称诸葛家族最后的辉煌，但他却多行不义，落得这样一个下场也算咎由自取。
参考资料：《晋书》
