在谭延闿与雅礼医院的帮助下，颜福庆于民国三年（公元1914年）在长沙成立湘雅医学院，并担任首任校长。为培养出优秀的医学生，学校的科目设置完全按照美国甲种医院的标准，即七年学制设置，并使用全英文教材教育学生。对于学生的考核，颜福庆也极为严格，湘雅医学院首届学生本有18人，但最终只有10人顺利毕业。除去在医术上对学生们要求非常高外，颜福庆也非常强调医德对医生的重要性，多次教导学生对待病人时不可无礼，一定要有耐心。在颜福庆的执掌下，湘雅医院在国内知名度越来越高，赢得了"北协和南湘雅"的美誉。
▲湘雅医学院师生旧照
民国十五年（公元1926年），国民革命军开始北伐，颜福庆因为不是湖南人士而被驱逐出省。离开湖南后，颜福庆应北京协和医院邀请担任医学院副院长，次年又毅然放弃高薪，前往上海组建第四中山大学医学院并任院长，不久又建立上海第一所肺结核医疗院。民国十八年（公元1929年），颜福庆访问美国医学中心，深感中国医学与美国的差距之大。为建立其中国人自己的医学中心，颜福庆四处筹钱，在民国大佬间挨家挨户"行乞"，六年后，中国首个医学中心诞生，包括上海医学院、药学院、护士护士学校、公共卫生学院与中山医学院等教学医院，中国开始得以大规模培养医学生。
