可是，他在朝中却极力树立自己的权威，对手下的大臣们非常严格，让大臣们害怕他，当朱元璋生病，让他处理朝政的时候，他都自作主张处理事情，不去向朱元璋汇报，也不去问候朱元璋的病情，他没想过，他的一切都是朱元璋赐予的，应该时时对朱元璋感恩戴德。因此朱元璋对他很不满。
后来李善长跟谋反的人员有关系，朱元璋就准备杀了他，左丞相李善长说"我有免死金牌的。"朱元璋慢悠悠的说：你再看看上面写了啥，然后读起免死金牌上字："免死金牌，谋反逆天杀。"其后朱元璋丝毫不顾及免死金牌的存在，将李善长一家满门抄斩，在封建社会中，皇帝才是一切，即使有免死金牌的存在，如果妨碍的帝王的利益，免死金牌也就没有丝毫的作用了。
