工部掌管全国工程事务，如水利建设、宫室修缮。从职能来看，相当于现在建设部、水利部的结合体。
在军事方面，原来的大都督府一分为五个平等的都督府，即我们通常所称的五军都督府（中军都督府、左军都督府、右军都督府、前军都督府、后军都督府）。五军都督府的最高长官为左都督和右都督，官阶都是正一品。
五军都督府掌天下兵马大权，主导国家军事建设，每个都督府分别管辖各省的一批都指挥使司。从职能来看，相当于现在的五大战区。然而需要指出的是，从明朝中期开始，五军都督府的权限就被极大削弱。到了明朝后期，五军都督府已彻底沦为一个虚有其名的机构了。
