此时，珍妃的尸体已经在井里泡了一年多。慈禧为安抚光绪帝，派人把珍妃的尸体打捞上来，重新装殓、厚葬，并把罪责推在崔玉贵身上。她将珍妃死因归结于崔玉贵逞能将珍妃推进井里，自己只不过当时在气头上。崔玉贵，则是被削去二总管的职务，送回庆王府。
见过珍妃井的人都知道，这个井原为宫中普通水井，看起来很小的。那么，当时慈禧是如何让崔玉贵把她扔下去的呢？
原来上面那么小的井口，实际上是一个石头井盖，仔细看看，它是扣在井口上的，也就是说这个小井口的石头是可以挪开的。慈禧当初扔珍妃的时候，直接从井口扔进去。然后她觉得还不解恨，就又找来一块有小孔的石头，将它压在了井口。
珍妃死后一年多，她的家人获准将尸体打捞出来，安厝于西郊田村，后葬于清西陵的崇陵妃园寝。 清朝灭亡后，珍妃的姐姐瑾妃在珍妃井北侧的怀远堂东间为妹妹设小灵堂，立牌位，以示哀悼。
