但这个美貌的埃及王后的命运也是坎坷的，她的丈夫埃赫那吞英年早逝，而他和纳芙蒂蒂之间只有女儿没有儿子。但纳芙蒂蒂不是依靠男人而活的女人，她很强大，不仅在埃赫那吞死后尽力维护他的政策，甚至独自一人面临来自于敌人的攻击，在埃及统治面临崩溃的时候，她站出来，采取一切措施来挽救。关于纳芙蒂蒂是否在埃赫那吞之后登基成为王者，这是史学家们一直在探寻的命题。即使历史记载继承王位的是年幼的图坦卡蒙，但事实上这个只在位了10年的少年帝王，不仅早早离世，而且他的继任者斯孟克卡拉摄政王，身世并不清楚。
纳芙蒂蒂在埃及历史上的名声处于两极分化，爱她的人认为她是埃及的女英雄，恨她的人认为她是个狂热的宗教徒，是个阴谋的政治家、叛国者。纳芙蒂蒂在统治埃及的期间，大力提高女子的社会和政治地位，她被认为是整个埃及最有影响力的女性。但实际上，对于这位埃及王后，我们对她的了解知之甚少，只能从历史的只言片语中推断出，她消失在历史上的时间，约有30岁，这还是一个很风华正茂的年纪，但她却早早的在历史上销声匿迹了。纳芙蒂蒂的下落如何？至今是一个迷。
