因为历史上对她的记载实在是过于稀少，所以这个以美貌闻名的埃及王后，她的出身背景也成了一个谜题。有传言说纳芙蒂蒂是出身米坦尼的公主塔杜赫芭，记载中塔杜赫芭是被许配给了阿蒙诺菲斯三世，是在后来才嫁给了他的儿子埃赫那吞，但这个说法并没有得到有力的证据来说明。还有一个说法是纳芙蒂蒂是阿蒙诺菲斯三世和一个十分宠爱的妾室所生的，从这个角度来说，那么纳芙蒂蒂和她所嫁的埃赫那吞便是异母的兄妹，那么纳芙蒂蒂就应当有这法老王的女儿的名称，但事实上她并不是，所以这个说法显然也缺乏历史的依据。最被人们认可的说法是，纳芙蒂蒂是提伊和艾伊的女儿，她的父亲应该是阿蒙诺菲斯三世的大臣，或者说是他的心腹，所以后来才将她许配给了继承王位的埃赫那吞。
纳芙蒂蒂这位美貌的女子在进入埃及法老后宫之后，便得到了埃赫那吞的极度宠爱，这个聪慧无比的女子不仅经营好了和丈夫之间的婚姻，甚至她的政治意识也很敏锐。在埃赫那吞和神权进行统治地位的争夺时，纳芙蒂蒂曾辅助埃赫那吞发动了埃及历史上的第一次改革。他们自创了太阳教，改宗教信仰为一神教，只信奉阿吞神，甚至在他们的改革过程中，还迁都阿玛拉城。在这个修建在沙漠之中的新都城里，纳芙蒂蒂几乎和埃赫那吞平起平坐，她并不仅仅是法老的妻子，她也是埃及人民心中的王后，她的权利空前绝后的强大。甚至说，有人认为她的权利还要大过于她的丈夫，因为她拥有处死别人的权利，而这一权利，从来都是埃及法老的权利。
