此外，东林党争开始以后，便愈演愈烈，形成了包括阉党、浙党、楚党、齐党等多个党派之间的争斗态势。在这场争斗中，每个党派都有胜有负，其中，东林党人更是自视清高，对与自己政治思想稍有不同的人，就直接列为小人，且自己独大，不与别党合作。
正是这样的原因，促使浙、楚、齐党最后都与阉党"化敌为友"，成为了一党。由此，东林党争正式演变为东林党和阉党之间的斗争。特别是在明熹宗统治期间，阉党代表魏忠贤掌权，所以，他对东林党人进行了极力的迫害。到了明思宗崇祯皇帝继位之后，阉党的势力开始被逐渐打压。
自此，东林党人的势力由弱转强，并在朝堂上抬起头来。之后，东林党人主张免收商业税，这等于断了国家的收入，不仅导致崇祯时期国库的极度空虚，还使财政收入大幅度减少。这样的做法，在一定程度上加速了明朝的灭亡。后来，明朝灭亡，大清王朝建立。
可是，清朝初期却大量沿用了明朝官吏，于是，原来的东林党争也一并引入了清廷之中。康熙年间，清廷中的党争和满族的权贵斗争同时并存，并相互纠缠。不过，当时的东林党争已经不是清廷斗争的主要矛盾，而这样的争斗让作为最高统治者的皇帝也觉得无可奈何。
