朝廷下诏任命他的弟弟祖约为豫州刺史，继续统领他的军队。而得不到朝廷重视的祖约，竟调兵响应淮陵内史苏峻的叛乱，而此时后赵石勒（原刘渊大将）便趁虚占领了寿阳。而祖约投资的苏峻也败亡，祖约深知进退都没容身之地，竟投降于石勒，于是江北之地又陷于胡人之手。
本来祖逖在江北之地，屡败匈奴，且晋朝遗民很多都投靠于他，势力因此壮大，是胡人南下的一个大屏障，若是得到东晋朝廷的重视和支援，未必不能收复洛阳。但是当时东晋朝廷内乱不止，而且皇帝无权，权力都落到了权门世族手里，争斗不止，无暇顾及祖逖江北之地，导致其在江北陷于孤军奋斗的困境。
西晋本能复国，为此他抵御匈奴8年，却得不到东晋支持，忧愤而死
《女史箴图》局部
最终导致了一代忠臣名将祖逖忧愤而死，其弟祖约的叛乱。失去了兴复晋室的一股强大力量，错过了兴复晋室的大好时机。
