建文四年六月燕王朱棣兵临南京城下，谷王朱橞与李景隆开金川门迎降，满朝文武也纷纷投降，建文帝朱允炆眼看大势已去，不得已下令焚烧宫殿，建文帝朱允炆携皇后马氏及嫔妃侍从等，偷火自焚而死。据《明·成祖本纪》记载，燕王朱棣入宫后，清宫三日搜查建文帝下落，宫内侍从都说建文帝已经自焚而死，并从火堆里找出了一具焦尸证明，但尸体已经分不清男女，惨不忍睹。朱棣继位后厚葬建文帝。
2削发为僧说
近代有人则认为燕王破城后，建文帝无奈，遂求一死了之。但少监王钺告诉他：先皇给您留了一个铁盒子，说让我在您有难的时候再给您，我一直秘密地把它藏在殿内。我这就把它拿出来。打开后里面有三张度牒。什么是度牒？度牒就是作为僧人的凭证，上面写着建文帝等几个人的名字，还贴心地为他们准备好僧衣，剃度刀，盘缠和一封书信。信上写明了为他计划的逃跑路线，随后从密道逃走。至此建文帝削发为僧。
根据野史记载，朱棣继位后曾派人以寻的长生不老药的名义秘密寻找，都是无功而返，郑和七下西洋有一项任务就是为了去海外寻找失踪的建文帝朱允炆。可见朱棣并不相信建文帝自焚而死，这一找就是十七年。据记载，直到朱棣死前一年，朱棣得到了答案，人们不知道他得到的答案是什么，但朱棣释然了，不知是人到晚年看开一切，还是确定了建文帝对他已经没了威胁。但至今建文帝的下落仍然是个谜。
