其一、当时的张居正在搞改革的时候，就已经得罪了朝廷中的许多官员。
在万历时期，张居正所实行的那些严厉的新政策，让那些贪官污吏们可以说是苦不堪言的。那些贪污的官员们轻则会被贬低官职，重则就会入狱判刑。所以在张居正推行改革的这十年之间，可以说是树立了大量的政敌的。在张居正活着的时候，这些贪官污吏畏惧于张居正的权力而不敢胡乱作为，但是在张居正死了之后，这些贪官污吏便是对张居正大加诬蔑，以此陷害张居正的后人。
其二、万历帝相当的不喜欢他。
在当时皇权与宰相权是两个相依相克的两种力量。当皇权比较弱的时候就需要有一人之下，万人之上的宰相权力来压制，当然一人之下，万人之上的宰相权力过于强大的时候，皇帝就会嫉妒和猜疑。当时神宗上位的时候仅仅只有十来岁左右，为了稳定国家就要借宰相的权力，当然这里会有神宗母亲的推崇。对于张居正他们母子两人都很尊敬和依赖，对于张居正所要求的各种要求只要不会很过都会答应的。所以当时张居正对少年时的神宗很严厉，神宗的什么事情都要管一下，导致在神宗的心里留下了不好的阴影。从敬佩，尊敬到讨厌的地步方向去。
