长孙无忌乘机大搞株连，威逼利诱案犯，暗示他们供出所谓"后台"。在他一手操控之下，案子越来越大，涉及人数越来越多，大批与长孙无忌有过节的人都被牵扯进来，无辜受难。李世民的弟弟荆王李元景，李世民的女儿巴陵公主、驸马柴绍武等被赐死，唐朝名将薛万彻被斩首，李世民的堂弟、任城王李道宗被流放，死在途中，名将执失思力被流放，死在外地。
最为离谱的是，李世民最看重的三儿子吴王李恪，也被扣上谋反的罪名赐死，死时年仅三十五岁。李恪在李世民诸子中，以英武贤明著称，《旧唐书》称赞"太宗诸子，吴王恪、濮王泰最贤"。李世民多次夸他"英果类我"，认为他最像自己，一度把他拟定为皇位继承人。因此李恪曾经是唐高宗李治最大的竞争对手，长孙无忌身为李治的亲舅舅，明知李治才能远不如李恪，却为了自己家族能够飞黄腾达，昧着良心全力扶持李治上台，并对李恪"深所忌嫉"。
借着办理房遗爱谋反案，长孙无忌把李恪也牵扯进来，与其他案犯一并处死。无辜被害的李恪悲愤交加，《新唐书》记载，他死前喊了9个字："社稷有灵，无忌且族灭！"诅咒长孙无忌将来没有好下场。这九个字，表面上看是针对长孙无忌，实则揭示出李世民一生的最大失误。因为长孙无忌之所以位极人臣大权在握，全都是李世民一手造成。
他被李世民封为凌烟阁功臣第一名，独揽大权二十余年，李世民临死还把他指定为托孤重臣，使得他成为唐朝开国以来第一权臣，最终酿成惨祸。英武果断的吴王李恪、文武全才的任城王李道宗、能征惯战的名将薛万彻、执失思力等人都死在无忌手里，太宗留下的贤王名将为之一空。结果后来武则天崛起，篡夺皇权之际，李唐王朝已经无人能够阻止她了，唐朝江山沦于武氏之手。长孙无忌也被武则天害死，也算咎由自取。李世民重用长孙无忌，堪称他一生最大失误。
