在路上他顺便拜访了他父亲以前的同僚，东晋孝武帝的弟弟司马道子，在酒宴上，司马道子当着众人的面说：你父亲桓温晚年想当贼，你怎么看呢？一听此话，桓玄吓得赶紧跪下磕头，幸好旁边有人说话，才让他不那么尴尬。但从此桓玄心里就埋下了复仇的种子。
随着时间的推移，司马道子在朝中的位置是越来越高，权力越来越大，做事越来越过分，东晋孝武帝为了平衡力量，就命令外戚王恭和尹仲凯分别引重兵驻扎在司马道子的封地旁边。但不久孝武帝就死去了，新皇帝登基后，司马道子根本不放眼里，更严重的是司马道子想学当年汉景帝时期的削藩，结果引发了各地方势力的叛乱。这个桓玄感觉机会来了。就鼓动王恭和尹仲凯攻打司马道子。却被司马道子打败。
表面上看司马道子胜利了，但其实后面最大胜利者是桓玄，他趁机就收拾了王恭和尹仲凯的势力。随即桓玄带兵攻打司马道子，并把司马道子流放在外，并最终杀掉。
自此桓玄在朝中大权独揽。没过多久他感觉自己的权力还是太小，于是就学曹操和司马懿不停的加官封位，但没过多久他又想，我已经基本控制东晋朝廷，已经到顶了，我为什么不称帝呢？于是在公元404年登基。国号为楚，不久以后刘裕等人起兵勤王，将桓玄打败。桓玄死后，他的堂弟继续领兵打着楚国的旗号，和刘裕打了好几年。但最终还是被刘裕打败。
