虽然司马德文活了下来，但刘裕总觉得前朝皇帝还活在世上，对自己的统治很不利非常。于是他就下令让前朝国舅爷褚秀之、褚淡之两兄弟对自己的妹夫和妹妹进行严密监视。当褚皇后诞下男婴时，褚氏兄弟按照刘裕的命令，竟亲手害死了自己的外甥。这使得司马德文日夜惊惶，从此再也不敢踏出房门一步，所食之物也都是褚皇后亲自制作的。
刘宋永初元年（公元420年）秋天，刘裕终于决定下手。他令前晋旧臣张伟携带着毒酒前往司马德文家中，准备将其鸩杀。哪知张伟还算是有些良知，因不忍弑旧主而自服鸩酒身亡。刘裕得知后十分震怒，想着东晋旧臣对这位废帝仍然忠心，心里更加忌惮，便铁了心要把司马德文干掉。原本刘裕是打算逼司马德文自行喝下鸩酒，却没想到司马德文以佛法中自杀不能转世为人的理由加以拒绝。眼见其"敬酒"不吃，刘裕派出的士兵便直接将其按在床上，用被子闷死了之，压根不管什么转不转世的。
司马德文死后，被追谥为晋恭帝（尊贤敬让曰"恭"）。可是司马德文虽然自愿禅位，却也没落得个好下场。此后，前朝废帝被杀就成为一种惯例，几乎无一能免。59年之后，刘宋政权走向灭亡，刘裕的子孙也站在了和曹奂、司马德文一样的境地上，10岁的宋顺帝刘准被迫禅位萧道成，死前绝望地说出了那句广泛流传的千古名言--愿生生世世，再不生帝王家！
