此时，司马德宗已从一国之君沦落为阶下囚，连带着把弟弟从一国亲王坑成了有名无实的县公。虽然兄弟二人被刘裕解救，但也只是逃出狼窝又入虎穴而已。刘裕平定乱局握有大权后就想夺了司马家的天下，重立刘氏龙旗。那时候称帝都讲究天意，于是刘裕就授意下属找来方士替他占卜，结果图谶上说："昌明(晋孝武帝)之后还有二帝"。也就是说，司马氏还有两个皇帝的命数未断，刘裕称帝还为时过早。刘裕听到这个传言当然是气得要死，让他等到傻瓜皇帝死了再篡位那是不可能的，所以他立即派人弑君，将司马德宗晋安帝弄死后，第二天就拥立司马德文立为帝。
由于这幅图谶的出现，天下人都知道司马德文明摆着就是东晋的最后一任皇帝。此时已经没有什么势力能够帮助司马德文坐稳帝位了，以王、谢为首的世家大族早已衰落，北地的少数民族尚且自顾不暇，更不会出兵伐刘。因此司马德文十分清楚自己的下场，不过他仍在心中希冀着刘裕可以放他一马，让他安享晚年，就像当年自家先祖善待曹奂一样。
东晋元熙元年（公元419年）6月，刘裕眼见时机成熟，便让心腹拟好禅位诏书，威逼司马德文誊抄一遍，以便其篡位称帝。司马德文见到草拟好的诏书后，心知这一天终究还是来了，于是强作欢颜地说:"桓玄篡位时晋朝就已经失国，多亏刘公出兵讨平，才得以又延续了近20年。今日禅位，我心甘情愿，没有什么怨恨！"说完就一口气提笔抄写，然后携后妃移居荆州秣陵（今湖北荆门）。刘裕称帝后，司马德文被降封为零陵王，由冠军将军刘遵考监管。
