起义军多数兵卒出身农民，对长安的贵人极端仇视，连黄巢本人也不例外。长安旧贵欲坐地起价，保持家族利益和公卿的优越地位，不满之下，黄巢所性也不要和士大夫共治天下，于是采取高压政策，"杀唐宗室在长安者无遗"。
另一方面，唐廷于川蜀站稳脚跟，唐僖宗于中和元年（881年）正月令各地节度使各发本道兵，共赴京师讨伐齐军。
不少齐军中投降的唐朝旧将瞬间改换旗帜，与各道节度使里应外合，加上黄巢手下兵卒来源混杂，真正忠心于其人的不多，多是被裹挟着讨生活而已，所以逆风之下，溃逃、投降无数。手下将领多是心怀鬼胎之辈，共富贵以后，竟不能共患难，朱温降唐，黄巢先断一臂；李详犹豫之间被疑神疑鬼的黄巢处死，黄巢自断一臂。粮草难济，兵败如潮，黄巢仓皇间退出长安，手下起义军不复往日"义军"形象，个个化身人间厉鬼，残杀百姓，掠夺乡里。
沙陀族将领李克用在收复长安后，受封河东节度使，一路追击黄巢。朱温受宣武节度使，支援沿路被黄巢进攻的州县，将黄巢逼得退无可退。
