但是局势自乾符五年（878年）三月开始变化，黄巢在河南的攻势受阻，左神武大将军刘景仁率军五千援洛阳，一举粉碎黄巢攻占东都的野心。河阳节度使郑延休率兵三千驻守河阴。黄巢欲攻占汴、宋二州，为东南面行营招讨使张自勉阻击，欲攻占卫南、叶、阳翟等地，亦有义成军节度使的三千人守卫，河南一时宛若被铜墙铁壁所包围。黄巢军队进无可进之下，转战江西，却又被镇海军节度使高骈剿灭。在浙西时，又被浙西节度使裴璩攻击，死伤严重。
于是黄巢假意投降，朝廷招安其为右卫将军。但当唐军撤去，周围藩镇军队又不能与之匹敌时，黄巢决议降而复叛。这一叛真就一发不可收拾了，黄巢的军队从浙江打入福建，又从福建进入岭南，唐朝的赋税重地几乎丢失殆尽。随即黄巢上书请任安南都护、广州节度使，朝廷不许，毕竟广州、安南两地靠近东南亚和中南半岛，一旦准允，黄巢的纵深将大大拓展，并形成一股长期的割据势力，甚至可能统一中南半岛，成为东南亚之王。
朝廷申斥的诏书一到，黄巢就开始攻打广州城，只一日，广州城陷。黄起义军已转战各地多年，这次占领广州，就是"欲据南海之地，永为巢穴"，借此割据，以图中原。
但是岭南燥热难耐，起义军染上瘟疫，黄巢不得不再度北上，先是荆襄之地，再是浙江，进军速度令人惊叹。但是淮南节度使高骈纠集昭义、感化、义武诸道兵南下，于徐州阻击黄巢，起义军不敌之下，黄巢再次请降。高骈急功近利，加上手下将领被黄巢贿赂，竟接受了投降。没成想，这黄巢第二天就撕破脸皮，唐军覆灭。
