清同治四年(公元1865年)，曾国藩被任命为负责征讨捻军的钦差大臣，李鸿章升为两江总督。两江总督这一职位已经是清朝最高级别的封疆大吏之一，主要掌管着苏皖晋三省的军政大权。在我国现代根本不会有这样的职位出现，所以没有办法对比。唯一可以确定的一点是，此时的李鸿章依然掌管着淮军，已然成为朝廷重臣。
由于曾国藩讨伐捻军未果，李鸿章与其职位调换。李鸿章走马上任，成为新的钦差大臣负责讨伐捻军。清同治七年(公元1868年)，由于捻军一路攻到河北保定，而李鸿章未能及时救援，他被朝廷责罚，拔双眼花翎，褫黄马褂，革除都骑尉的爵位。直到捻军被彻底镇压之后，李鸿章才又一次得回都骑尉的身份，朝廷还加封他为太子太保，成为湖广总督协办大学士。协办大学士这一职位品级很高，是从一品的大官，有点类似于今天的副国级干部。
李鸿章曾说清廷面临"三千余年一大变局"，而他自己也是身处其中。评价一个如李鸿章这般复杂的历史人物，如果简单以好坏二字来概括，不但过于武断，而且过于无知。此人人生经历过于复杂，而一千个读者自有一千个哈姆雷特，该如何评价，还是自由心定吧。
