入京之后的孙传庭，由于和主和派官员矛盾颇深，没多久就被诬陷入了大狱，再加上此时的名将卢象升也已经战死在巨鹿。忧郁重重的孙传庭一气之下竟然两耳一"嗡"，就此耳聋了。可叹时运不济，朝廷不明，一代名臣，竟在国家危难之际落得如此境地。
所幸的是，大明朝并没有忘记他，三年后，在明臣的举荐下，孙传庭终于被释放出狱了。可是，在他入狱的这短短三年时间里，李自成的大军却已经从被他杀得无处躲藏发展到了10万之众。而赶到前线的孙传庭，接收的却是一支刚刚大败，伤痕累累的军队。
此时已经是1642年了，距离大明的灭亡仅仅只剩下两年时间。
在了解完前线的战况后，孙传庭打算息兵蓄锐，可崇祯皇帝却一再催他赶紧出关剿匪。无奈之下，孙传庭只好经过短暂的发展后就率军出关了，但由于准备仓促，再加上前来驰援的其他记录明军都被李自成歼灭，孙传庭也接连遭遇败北，再也无力回天。
后兵败，在陕西潼关战死，马革裹尸，年约51岁。
