1860年12月，寿州出了乱子：安徽团练首领苗沛霖与寿州团练首领孙家泰、蒙时中、徐立壮等人互相仇杀，引发苗沛霖反叛清廷，率部围攻寿州。寿州防守坚固，自三国两晋以来就有"铁打的寿州"美誉，但翁同书无心恋战，不但按照苗沛霖的意思，上书朝廷为其美言，还下令处决其原来当作心腹爱将的徐立壮，将孙家泰投进大牢。可苗沛霖背信弃义，还是攻破了寿州。翁同书仓皇逃出寿州，历经艰难险阻回到京城。
看到此情此景，曾国藩坐不住了。曾国藩当时担任两江总督。从层级上来说，两江总督与安徽巡抚平级，彼此没有隶属关系。但曾国藩担任两江总督的同时，还负责督办苏（江苏）、皖（安徽）、浙（浙江）、赣（江西）4省军务，4省巡抚、提镇以下悉归节制。所以，曾国藩就对安徽巡抚翁同书有了管辖权。
曾国藩对翁同书两次出逃以及在苗沛霖事件上处理不当的事情很不满意，如果不对这种行为进行惩戒，那他这个两江总督就不好当了。可是，翁同书并不是那么好弹劾的。
翁同书父亲叫翁心存，当年在朝廷里官至兵部尚书、协办大学士、体仁阁大学士，还做过同治皇帝的老师。翁心存的两个儿子翁同书、翁同爵都官至巡抚，属于与曾国藩平起平坐的封疆大吏。翁心存第三个儿子翁同龢则是状元出身，圣眷正隆。可以说，翁氏家族在朝廷里很有势力，翁门弟子布满朝野。曾国藩弹劾翁同书，稍有不慎，将会惹祸上身。
