早在努尔哈赤时期，蒙古科尔沁部、扎鲁特部便在清廷的联姻攻势下归附了后金，而土默特、喀喇沁、兀良哈等部因为之前进攻库图克图汗的原因，为了避免遭到报复，不久后也归附了后金。
而在皇太极即位之后，也将主要目标放在了库图克图汗身上。崇祯元年（1628年），皇太极派遣贝勒阿济格与喀喇沁部会盟，双方决定联手攻击库图克图汗。同年九月，皇太极亲率大军至绰洛郭尔，察哈尔部控制下的敖汉、奈曼、喀尔喀、札鲁特和喀喇沁等部均率兵前来会盟，此时的库图克图汗空有大汗之名，却已经陷入了孤立无援的境地，面对清军和蒙古联军，只能被迫退出西拉木伦河流域，至归化城（今呼和浩特）固守。
明崇祯五年（1632年）4月，皇太极再度亲率大军西征，会集蒙古诸部后向库图克图汗发动进攻，面对远胜自己的敌军，库图克图汗只能放弃归化城向西逃窜，但在大势已去的情况下，部众逃散十之七八，库图克图汗逃奔青海两年后在青海打草滩病逝。
