崇祯帝下令逮捕熊文灿，以杨嗣昌为督师，赐尚方宝剑，授予他生杀予夺大权。崇祯十三年七月，总兵左良玉与副将李国奇夹击张献忠部于玛瑙山，义军将领16人战死，张献忠妻妾7人被俘，这就是明末农民战争史上所谓的"玛瑙山之败"。
驰骋大江南北
张献忠被击败后，所部浴血奋战，终于渡过长江，进入四川开县。自进入四川起，张献忠便采取了流动作战方针对付官军。崇祯十四年正月，义军在开县附近的黄陵城大败总兵猛如虎部官军。战后张献忠亲率轻骑，一昼夜疾弛300里，于途中杀掉督师杨嗣昌的使者，然后利用督师的军符假扮为差官，夜入襄阳城，俘虏了襄王朱翊铭，并将其处死。
杨嗣昌听说襄王被张献忠义军处死，吓得心惊肉跳，上疏崇祯帝请求死罪。他追赶到沙市，又传来李自成攻破洛阳杀死福王朱常洵的消息，他忧惧交加，自知难逃极刑，遂绝食而死。
