毓贤在山东的所作所为，引起列强的极为愤怒，强烈要求清廷撤换毓贤。清政府迫于压力，被迫于1899年底将毓贤撤职，改由袁世凯担任山东巡抚。袁世凯一旦到任，马上改变毓贤的政策，对义和团改抚为剿，大肆诛杀拳民，很快便收到"立竿见影"的效果。义和团既然无法在山东立足，便纷纷逃往直隶地区。
毓贤撤职回京后，依然不忘向端亲王载漪、庄亲王载勋、大学士刚毅等满清权贵力言义和团民心可用，并在面见慈禧太后时，更是大谈义和团"扶清灭洋"，与国有利。此时的清廷，由于遭受列强的欺压日甚，反弹情绪非常强烈，经过毓贤一番陈情，竟然就真的动了心，决定借助义和团"刀枪不入"的"神功"对抗列强的洋枪洋炮，重振颓败的国运。正是在这种思维下，义和团开始大批量的进入京津地区，围攻使馆，肆意捕杀洋人及中国教民，终于引发八国联军侵华事件，为害极深。
颟顸愚蠢的清廷被毓贤的狂言所迷惑，竟于1900年起用其为山西巡抚。毓贤自恃有朝廷的支持，排外情绪更加强烈，唆使义和团焚烧教堂及屠杀教民，手段无所不用其极。毓贤在山西任职期间，全省共杀害传教士191人、中国教民及其家属子女1万多人，焚毁教堂、医院225所，烧拆房屋两万余间，是各省中死人最多的一个省。甚至毓贤在巡抚衙门前，还曾亲手杀害过若干名传教士及幼童，罪行令人发指。
八国联军攻占北京后，将毓贤列为排外仇教的"罪首"，要求清廷严厉惩处。1900年9月，毓贤被革职发配新疆，次年2月被清廷下令在兰州处斩，就此结束其祸国殃民一生。毓贤虽死，然其一条贱命怎换的回万千无辜遇害同胞的性命？怎换的回赔偿给列强的四亿五千万两白花花的银两？爱国贼之害国，从来如斯，李鸿章临终前痛骂其误国不止，正是因此！
