1999年，考古队在明孝陵金水桥东侧进行钻探时，发现了一口砖头砌成的水井，在水井四周发现了砖结构和石构件遗址，有大型柱础暴露于地表。通过跟已经确定的孝陵别处的砖、石进行对比和比较，研究人员确定该处遗迹与孝陵属于同时期的建筑。由于该处遗迹是当时发现的靠近神宫的惟一建筑，所以文物工作者猜测该建筑很有可能就是神宫监的所在。
既然确定了神宫监的位置，那么说明地下玄宫应该也在附近。于是考古队立刻找来地震工程研究院的工作人员，采用无破坏性的精密磁测技术，并配合地面调查研究，终于揭开了一个隐藏达600余年的谜团-一-查明了明孝陵地下玄宫的位置，确认朱元璋就葬在独龙阜下数十米处，而且这座地下宫殿保存完好，排除了过去流传的地宫被盗之说。
