叶向高即使再有理想，在万历皇帝的消极怠政下也无用武之地 ，他所能做的只是一些力所能及的事。后来在万般无奈之下，叶向高心灰意冷，辞官回乡。光宗登基后，召回了这位印象颇好的老师，让他还朝，只是光宗的诏书还没到叶向高手中，便匆匆去世。
熹宗接任后，仍按父皇的意愿，促使叶向高还朝，天启元年（1621年）十月，叶向高回到了阔别六年的北京，再次担任首辅。
虽然叶向高在担任首辅期间，遇到了重重阻力，其中压力最大的就是和魏忠贤周旋，这些天启朝的内阁和宦官之间的争斗暂时不表，值得我们关注的是，叶向高登上首辅之位三个月后，做了一件大事，那就是给张居正彻底平反。
天启八年，叶向高在家乡病逝，享年六十九岁，我们用"孤臣白发三千丈"来形容这位三朝首辅叶向高的一生，应该是最合适不过了。
