但是，内战并没有结束，各地贵族纷纷效仿两个约翰皇帝的做法，勾结强大的外国势力作为靠山，塞萨洛尼基人甚至准备开城迎接塞尔维亚国王斯特凡·乌罗什四世（1331-1355年在位）。皇帝约翰六世由于没有足够的兵力，也不得不大量雇佣奥斯曼土耳其人军队。1351年，已经成年的约翰五世起兵进攻其岳父约翰六世，意在恢复巴列奥略王朝的正统地位，由此揭开了内战的第二阶段。他首先与当时巴尔干半岛最强大的势力塞尔维亚人结盟，而后出兵迫使约翰六世议和割地。约翰六世一面假意谈判，一面暗中雇佣2万名奥斯曼土耳其士兵，大败塞尔维亚人，约翰五世只好逃到泰尼多斯岛暂避一时。
此后，约翰五世多次试图反攻均未能得手，辗转流窜于各地，争取地方势力的支持。约翰六世似乎在内战中占了上风，但是他与奥斯曼土耳其人的亲密关系却导致了他的倒台，一方面，新兴的奥斯曼土耳其人乘机侵入欧洲，不断扩大领土，势力坐大，构成对拜占庭帝国最严重的威胁；另一方面他的亲土耳其人政策引起朝野上下一片反对，宫廷内外怨声四起，各种阴谋层出不穷。约翰五世乘机于1355年年底乘坐两艘热那亚人平底船，经马尔马拉海在君士坦丁堡登陆，心怀不满的首都人民迅速起义，配合约翰五世推翻了约翰六世的统治。这次内战的后果比"两安德洛尼卡之战"严重得多，因为奥斯曼土耳其军队乘机顺利进入欧洲，并在巴尔干半岛建立了桥头堡和军事基地，他们将成为此后数百年欧洲人的劲敌和拜占庭帝国的掘墓人。
巴列奥略王朝统治时期发生的第三次内战并不是真正意义上的内战，而是外国列强打着皇室旗号进行的瓜分拜占庭帝国利益的斗争。约翰五世共有5子1女，原定继承皇位的皇太子为长子安德洛尼卡，但是由于父子关系一直不好，特别是当约翰五世在次子曼努埃尔陪同下因债务问题被扣押在威尼斯期间，安德洛尼卡坐视不救，引起皇帝的极大反感。而次子曼努埃尔善于察言观色，见风使舵，颇受皇帝喜爱，约翰五世因此决定废长立幼，遂引发皇室内战。安德洛尼卡两度策划反叛未成。1373年，安德洛尼卡勾结奥斯曼土耳其苏丹之子韶德兹起兵反叛当时关系极为亲密的两位父王，但事泄流产。韶德兹被奥斯曼土耳其苏丹投入监狱并刺瞎双眼，安德洛尼卡及其子约翰也受到同样的惩罚，但安德洛尼卡侥幸留下一只眼。
1376年，威尼斯人和热那亚人为取得在拜占庭帝国的商业特权发生激烈斗争。当热那亚人察觉约翰五世偏袒威尼斯人时，便帮助安德洛尼卡从监狱逃走，并且突然出兵推翻约翰五世的统治，代之以安德洛尼卡四世（1376-1379年在位）。安德洛尼卡四世上台后立即将原来割让给威尼斯人的泰尼多斯岛转让给热那亚人作为报酬，并按照热那亚人的意旨迫害君士坦丁堡的威尼斯人。不甘失败的威尼斯人经过认真准备，于1379年出兵救出约翰五世和曼努埃尔二世（1391-1425年在位），将他们重新扶植上台。
巴列奥略王朝的内战对晚期拜占庭历史发展造成了严重后果，而该王朝的外交政策则加速了拜占庭帝国的最终灭亡。
